Le site est une niche du vallon de Cogne au point où l'angle formé par les deux versants rocheux se ferme et où démarre le long serpent qui s'ouvrira 12km plus loin dans l'extraordinaire Pré de Saint-Ours, (Prò de Saint Ors, en patois) à Cogne.
Sur la droite orographique du pont s'est développée l'agglomération compacte qui a conservé jusqu'à aujourd'hui ses caractéristiques de village rural à l'histoire plurimillénaire, appelé par les habitants, Pondy. La route de Cogne coupe le versant à mi-côte et ne permet pas de voir cet angle exceptionnel sous-jacent, motif pour lequel, le Pondaël, c'est-à-dire Le Pondy, est peu connu. Après avoir parcouru 150m à pied à partir de la chapelle du village, un panorama grandiose du pont, situé au-dessus la gorge impressionnante de cent mètres et plus de profondeur, s'offre aux yeux.
Le territoire aux environs de Pont d'Aël présente au moins trois milieux principaux, bien caractérisés par des peuplements végétaux et animaux propres.
À peine traversé le pont-aqueduc, on rencontre les prairies arides: terrasses abandonnées depuis longtemps, qui alternent avec des forêts clairsemées de chênes verts et de pins sylvestre, où croissent des espèces végétales d'origine steppique comme l'Achillea tormentosa et la Kochia prostrata (La Vallée d'Aoste renferme les uniques présences connues sur le territoire italien). On note, en outre, la présence de quelques orchidées parmi lesquelles le rare Cephalanthera damasonium.
Les milieux arides de Pont d'Aël revêtent un intérêt considérable aussi pour la grande abondance de papillons: outre l'endémique Polyommatus humedasae, on a compté 96 espèces de diurnes.
En amont des prairies arides s'élèvent les parois rocheuses qui forment le versant sud-oriental du mont Poignon. Sur ces parois, on signale la présence de nombreux rapaces comme l'aigle royal.
Enfin, tout de suite en aval du village, le torrent Grand'Eyvia crée un ravin ombragé aux parois très abruptes, à l'intérieur desquelles s'instaurent des conditions microclimatiques de grande humidité, en contraste ouvert avec les alentours immédiats; là, croît un bois à prédominance de tilleuls, érables et frênes, un type de bois rare dans une région au climat généralement aride comme celui de la Vallée d'Aoste.
